平顶山学院自2010年与郑州大学等高校联合培养硕士研究生，2018年获批河南省硕士学位授予立项建设单位，2021年获批河南省硕士学位授予重点立项建设单位，2024年获批硕士学位授予单位。现有材料与化工、机械、教育三个全日制专业硕士学位授权点，有生态学、环境科学、高电压与绝缘技术、化学工程、中国当代文学、数字经济、新闻与传播、能源动力、生物与医学、设计等10个省级重点学科。

学校于2021年成立研究生工作处，2024年11月更名为研究生处（学科建设办公室），同时成立党委研究生工作部。下设学科建设管理科、研究生招生办公室、研究生培养科、研究生管理科，全面负责研究生招生、培养、学位授予，研究生教育管理及学校学科与学位点建设等工作。