平顶山学院自2010年与郑州大学等高校联合培养硕士研究生，2018年获批河南省硕士学位授予立项建设单位，2021年获批河南省硕士学位授予重点立项建设单位，2024年获批硕士学位授予单位。现有材料与化工、机械、教育三个全日制专业硕士学位授权点，有生态学、环境科学、中国古典文献学、高电压与绝缘技术、化学工程、中国当代文学、数字经济、新闻与传播、能源动力、生物与医学、设计等10个省级重点学科。

学校于2021年成立研究生工作处，2024年11月更名为研究生处（学科建设办公室），同时成立党委研究生工作部。研究生处下设学科建设工作办公室（综合科）、研究生培养科、研究生招生就业科3个科室，全面负责学校的研究生招生、培养、学位授予、研究生教育管理及学科与学位点建设等工作。